2017年，地球受到Blue的袭击，只有不到一千万人能逃到瑟坎多亚斯特号（而且只有经过挑选的人才有优先权登陆），而且将抛弃在地球上的人视为“已死亡”。2029年，部队在地球上发现了sleeper的相关资料。2031年，经研究后得知sleeper的秘密，并打算利用他们进行反击，随后实行回收sleeper的计划。在国立免疫研究所经过与Blue的战斗后，格兰素小队成功救出sleeper的幸存者祐司，便立即前往太空港准备返回瑟坎多亚斯特号。但在太空港遭到Blue的袭击，形势不利下被迫放弃太空港，负伤的队长罗伯特带领仅存的队员裘依、玛琳，还有祐司乘回收机逃离，准备前往韩国与当地回收队汇合......祐司为了不想成为负担，要求参加战斗。很快，在裘依和玛琳教导下掌握了一定技巧，并与裘依成为朋友......到达韩国后却发现回收队全灭了......在一个城市里祐司发现一女孩被Blue攻击，不理其他人反对的祐司单独去救那女孩。虽然成功了，但枪声却惊动了其它Blue......由于尾随女孩而找到了隐匿处，但祐司却发觉那里的人都不欢迎他们。在安顿好的晚上，祐司与那名叫翁的女孩相遇，并且承诺会保护她......第二天，裘依、玛琳和祐司前往卫星通信站（也是Blue的巢穴）打算与太空基地联络。在得知旅途终点是俄罗斯的拜克奴鲁基地后，准备返回时却遭到Blue的攻击，为了救玛琳，装甲机器人损坏了......裘依也在祐司怀里闭上双眼......